马德里竞技与拜仁慕尼黑的历史交锋始于1997-98赛季，两队共交手12次。首场对决发生在1997年12月10日，拜仁慕尼黑在慕尼黑安联球场以3-0获胜。在这12场比赛中，马竞取得了4胜2平6负的成绩。
1997-98赛季欧洲冠军联赛小组赛，马竞在客场以1-0战胜拜仁慕尼黑。马竞采取了防守反击的战术，主要依靠科斯塔和萨米恩托的个人能力创造机会。马竞首发阵容包括：库托、莫雷蒂、萨米恩托、胡安弗兰、阿吉雷加维里亚、科斯塔、阿尔贝达、阿隆索、阿吉雷加维里亚、苏亚雷斯和比利亚。此役，马竞凭借科斯塔的进球，以1-0击败对手。
1998-99赛季欧洲联盟杯八分之一决赛，马竞在主场以1-1战平拜仁慕尼黑，最终以客场进球少的劣势被淘汰。马竞采用的是稳守反击的战术，主要依靠萨米恩托和科斯塔的个人能力创造机会。马竞首发阵容包括：卡尼萨雷斯、莫雷蒂、萨米恩托、胡安弗兰、阿吉雷加维里亚、科斯塔、阿尔贝达、阿隆索、阿吉雷加维里亚、苏亚雷斯和比利亚。此役，马竞凭借萨米恩托的进球，以1-1战平对手。
2008-09赛季欧洲冠军联赛十六分之一决赛，马竞在主场以2-0战胜拜仁慕尼黑。马竞采用了积极进攻的战术，主要依靠迭戈和西芒的个人能力创造机会。马竞首发阵容包括：库尔图瓦、米兰达、戈丁、胡安弗兰、萨维奇、蒂亚戈、西芒、劳尔·加西亚、科凯、迭戈和阿德里安。此役，马竞凭借迭戈和西芒的进球，以2-0击败对手。
2014-15赛季欧洲冠军联赛四分之一决赛，马竞在客场以1-0战胜拜仁慕尼黑。马竞采取了稳固防守和快速反击的战术，主要依靠菲利佩和格里兹曼的个人能力创造机会。马竞首发阵容包括：库尔图瓦、米兰达、戈丁、胡安弗兰、萨维奇、蒂亚戈、西芒、劳尔·加西亚、科凯、菲利佩和格里兹曼。此役，马竞凭借菲利佩的进球，以1-0击败对手。
2021-22赛季欧洲冠军联赛半决赛，马竞在主场以1-1战平拜仁慕尼黑，最终以客场进球少的劣势被淘汰。马竞采用了稳固防守和快速反击的战术，主要依靠菲利佩和格里兹曼的个人能力创造机会。马竞首发阵容包括：奥布拉克、费利佩、希门尼斯、埃尔莫索、洛迪、科克、孔多比亚、略伦特、格列兹曼、勒马尔和库尼亚。此役，马竞凭借勒马尔的进球，以1-1战平对手。